Никольская церковь в Балахне, расположенная на территории Покровского монастыря, является древнейшим каменным храмом Нижегородской епархии. Она была возведена по приказу Ивана Грозного в 1552 году в честь взятия Казани. До 1917 года, когда церковь закрыли, здесь хранилась чудотворная икона «Одигитрия».
Советские власти расположили в храме цеха молокозавода и жилые помещения. В последнее время здесь находились запасники Балахнинского краеведческого музея. После церковь возвратили верующим, первая литургия здесь прошла 19 декабря 2008 года. В 2011 году сюда привезли вновь обретённые мощи иеромонаха Пафнутия — основателя монастыря.
В подклете Никольской церкви 14 августа 2015 года освятили храм в честь преподобного Сергия Радонежского. Чин Великого освящения возглавил митрополит Нижегородский и Арзамасский Георгий.