Монастырь был основан во второй половине XVII века. Главным храмом обители является двухэтажный Троице-Никольский собор, построенный в 1681 году. В 1710 году на северной стороне монастыря была возведена двухэтажная церковь преподобного Иоанна Лествичника.
В XVIII веке монастырь окружили каменной стеной с башнями на углах. Главные ворота разместились в восточной стене. Над воротами в 1689 году была построена церковь Покрова Божией Матери. Рядом находился корпус с кельями для монахов, а с северо-западной стороны Троице-Никольского собора возвышалась шатровая колокольня.
В XIX веке монастырь находился под покровительством Петра Павловича Кожина. Представитель древнего рода Кожиных, героя Крымской войны и губернского предводителя дворянства во Владимирской губернии. Он был похоронен на территории монастыря в 1890 году. Над его могилой была возведена часовня.
Советские власти закрыли Свято-Троицкий Никольский монастырь в 1920 году. Храмы были разорены, ограда разрушена, а часовня-усыпальница уничтожена. Покровская церковь была снесена, а в соборе организовали склад кинопроката. Часть зданий была передана под жилье. В 14 км от Гороховца в XIV веке преподобным Сергием Радонежским был основан Георгиевский монастырь. Он существует и по сей день как Георгиевский скит Свято-Троицкого Никольского мужского монастыря.
Возрождение обители произошло в декабре 1993 года, когда в Никольском монастыре возобновилась монашеская жизнь. В настоящее время монастырь находится на стадии восстановления.
