Монастырь был основан во второй четверти XVII века.Главным храмом монастыря является Троице-Никольский двухэтажный собор, построенный в 1681 году. В северной части монастыря в 1710 году была построена двухэтажная церковь преподобного Иоанна Лествичника.
В XVIII веке монастырь был обнесён каменным забором с башнями по углам. Главные ворота находились в восточной стене. Над воротами в 1689 году была построена церковь Покрова Божией Матери. Рядом находился корпус с кельями монахов. С северо-западной стороны Троице-Никольского собора находится шатровая колокольня.
В XIX веке обители оказывал покровительство представитель старинного рода Кожиных — Петр Павлович Кожин, герой Крымской войны, владимирский губернский предводитель дворянства. Он был похоронен на территории монастыря в 1890 году, а над его могилой возведена часовня.
Свято-Троицкий Никольский монастырь был закрыт советскими властями в 1920 году. Храмы были обезглавлены, ограда – разрушена, часовня-усыпальница разорена. Была снесена Покровская церковь. В соборе был склад кинопроката, часть зданий отдали под жилье. Во второй половине XIV века в 14км от Гороховца преподобным Сергием Радонежским был основан Георгиевский монастырь, который существует и по сей день как Георгиевский скит прп. Сергия Радонежского Свято- Троицкого Никольского мужского монастыря .Возрождена обитель была в декабре 1993 года.
В 1993 году в Никольском монастыре возобновилась монашеская жизнь.В настоящее время обитель находится на стадии восстановления
