Монастырь основан в 1643 году на месте, которое ранее именовалось Старое Вышнее городище, где в XII веке святой благоверный князь Константин, креститель Мурома, поставил деревянную церковь во имя святых князей-страстотерпцев Бориса и Глеба.
Обитель была возведена «стараниями» и «тщанием» муромского купца гостиной сотни Тарасия Борисовича Цветнова. Строительство началось с возведения Троицкого храма в 1642 — 1643 годах на месте старого одноименного деревянного храма. По окончании строительных работ Тарасий Цветков просит благословения Рязанского и Муромского епископа при храме устроить девичью обитель. Благословение было дано.
В 1648—1652 годах в южной части монастыря на одном фундаменте были построены надвратная шатровая церковь во имя Казанской иконы Божией Матери и прорезная многоярусная колокольня.
Обитель мирно существовала до 1921 года, потом ее закрыли, и монастырская территория стала использоваться под городские нужды.
По Божиему промыслу, возрождение монастыря началось 15 мая 1991 года, когда Православная Церковь вспоминает перенесение мощей святых Бориса и Глеба. Первой настоятельницей возобновленной обители, по благословению архиепископа Владимирского и Суздальского Евлогия, стала игумения Тавифа (Горланова).
В 2002 году в монастыре был открыт пансионат для несовершеннолетних детей «Надежда», где девочки получают среднее образование.
На территории монастыря построена часовня и источник в честь святых Петра и Февронии. В монастыре три действующих храма.
