Краеведческий музей был организован в 1970 году, его основные разделы разработаны на базе школьных коллекций.
Когда в музее появился художественный раздел и выставочный зал для сменных выставок, это немедленно отразилось в его названии: Варнавинский краеведческий стал Варнавинским историко-художественным. 28 марта 1998 года Варнавинскому музею присвоили статус «народный музей».
В 2007 году в музее прошла реконструкция: основные разделы сохранились, но изменилось архитектурно-художественное решение экспозиций, к тому же они пополнились новыми экспонатами.
Действует в музее экспозиция Варнавы Ветлужского о жизни священника. Здесь представлено несколько списков Жития Варнавы Ветлужского, коллекция икон Варнавы Ветлужского XVIII – XIX веков, фотоматериалы. Открытием для почитателей Варнавы стал найденный в 2002 году список «Жития Варнавы Ветлужского» 1783 года – памятник духовной литературы и важный исторический документ. В настоящее время рукопись переведена со старославянского на современный русский язык и издана. Муляж книги представлен в экспозиции.
Центральное место в музее занимает макет бывшего монастыря, давшего некогда начало городу Варнавину. Кроме исторической экспозиции, в музее находится художественный раздел, где в том числе представлен один из наиболее ценных и редких в России видов декоративного искусства — косторезного промысла.
